Program Tahfidz Al-Qur’an MA Takhassus Al-Qur'an Wonosobo merupakan program unggulan yang dirancang sebagai wadah pembinaan siswa dalam mencintai, memahami, dan menghafal Al-Qur’an secara terarah dan berkesinambungan. Melalui program ini, siswa dibimbing untuk mengembangkan potensi spiritual dan intelektualnya dengan metode pembelajaran yang sistematis, disiplin, dan sesuai dengan kemampuan masing-masing. Kegiatan tahfidz tidak hanya menekankan pada pencapaian jumlah hafalan, tetapi juga pada kualitas bacaan, ketepatan tajwid, serta penguatan adab dalam berinteraksi dengan Al-Qur’an.
Selain berfokus pada hafalan, Program Tahfidz Al-Qur’an MA Takhassus Al-Qur'an Wonosobo juga berperan penting dalam pembentukan karakter dan akhlak siswa. Nilai-nilai keistiqamahan, kesabaran, kedisiplinan, dan tanggung jawab ditanamkan melalui proses muroja’ah dan pembinaan rutin. Dengan mengikuti program tahfidz, siswa diharapkan mampu mengamalkan nilai-nilai Al-Qur’an dalam kehidupan sehari-hari, serta tumbuh menjadi generasi Qur’ani yang berakhlak mulia, memiliki kecerdasan spiritual yang kuat, dan siap berkontribusi positif bagi masyarakat, bangsa, dan agama.